| 序号 | 类别 | 重点研究基地名称 | 校内建设单位 | 级别 |
| 1 | 国家国际科技合作基地 | 兰州大学生物制药国际科技合作基地 | 生命科学学院、药学院 | 国家级 |
| 2 | 甘肃省重点实验室 | 甘肃省新药临床前研究重点实验室 | 基础医学院 | 省级 |
| 3 | 甘肃省循证医学与临床转化重点实验室 | 基础医学院 | 省级 | |
| 4 | 甘肃省消化系肿瘤重点实验室 | 第二医院 | 省级 | |
| 5 | 甘肃省骨关节疾病研究重点实验室 | 第二医院 | 省级 | |
| 6 | 甘肃省泌尿系统疾病研究重点实验室 | 第二医院 | 省级 | |
| 7 | 甘肃省生物治疗与再生医学重点实验室 | 第一医院 | 省级 | |
| 8 | 甘肃省血液病重点实验室 | 第二医院 | 省级 | |
| 9 | 甘肃省生殖医学与胚胎重点实验室 | 第一医院 | 省级 | |
| 10 | 甘肃省医学影像重点实验室 | 第二医院 | 省级 | |
| 11 | 甘肃省牙颌面重建与生物智能制造重点实验室 | 口腔医学院 | 省级 | |
| 12 | 甘肃省神经病学重点实验室 | 第二医院 | 省级 | |
| 13 | 甘肃省临床医学研究中心 | 甘肃省心血管病临床医学研究中心 | 第一医院 | 省级 |
| 14 | 甘肃省老年疾病临床医学研究中心 | 第一医院 | 省级 | |
| 15 | 甘肃省消化系统疾病临床医学研究中心 | 第二医院 | 省级 | |
| 16 | 甘肃省骨科临床医学研究中心 | 第二医院 | 省级 | |
| 17 | 甘肃省口腔疾病临床医学研究中心 | 口腔医院 | 省级 | |
| 18 | 甘肃省普通外科临床医学研究中心 | 第一医院 | 省级 | |
| 19 | 甘肃省泌尿系疾病临床医学研究中心 | 第二医院 | 省级 | |
| 20 | 甘肃省神经内科临床医学研究中心 | 第二医院 | 省级 | |
| 21 | 甘肃省超声临床医学研究中心 | 第二医院 | 省级 | |
| 22 | 甘肃省急诊临床医学研究中心 | 第二医院 | 省级 | |
| 23 | 甘肃省呼吸系统疾病临床医学研究中心 | 第一医院 | 省级 | |
| 24 | 甘肃省内分泌疾病临床医学研究中心 | 第一医院 | 省级 | |
| 25 | 甘肃省影像医学临床医学研究中心 | 第一医院 | 省级 | |
| 26 | 甘肃省眼科临床医学研究中心 | 第二医院 | 省级 | |
| 27 | 甘肃省胸部肿瘤临床医学研究中心 | 第一医院 | 省级 | |
| 28 | 甘肃省生殖疾病临床医学研究中心 | 第一医院 | 省级 | |
| 29 | 甘肃省感染肝病临床研究中心 | 第一医院 | 省级 | |
| 30 | 甘肃省普通外科微创治疗临床医学研究中心 | 第二医院 | 省级 | |
| 31 | 甘肃省耳鼻咽喉疾病临床医学中心 | 第二医院 | 省级 | |
| 32 | 甘肃省血液病临床医学研究中心 | 第二医院 | 省级 | |
| 33 | 甘肃省肾脏疾病临床医学研究中心 | 第二医院 | 省级 | |
| 34 | 甘肃省风湿免疫疾病临床医学研究中心 | 第二医院 | 省级 | |
| 35 | 甘肃省功能及分子影像临床医学研究中心 | 第二医院 | 省级 | |
| 36 | 甘肃省消化系疾病临床医学研究中心 | 第一医院 | 省级 | |
| 37 | 甘肃省妇科肿瘤临床医学研究中心 | 第一医院 | 省级 | |
| 38 | 甘肃省血液病分子诊断与治疗临床医学研究中心 | 第一医院 | 省级 | |
| 39 | 甘肃省科技创新服务平台 | 甘肃省特殊人群遗传资源库 | 基础医学院 | 省级 |
| 40 | 甘肃省重大疾病临床及生物信息资源库 | 第一医院 | 省级 | |
| 41 | 甘肃省高原高发肿瘤生物样本库 | 第二医院 | 省级 | |
| 42 | 甘肃省实验动物质量检测与生物安全数字化仿真培训平台建设 | 医学实验中心、基础医学院 | 省级 | |
| 43 | 甘肃省生育力保存资源库 | 第一医院 | 省级 | |
| 44 | 甘肃省工程实验室 （工程研究中心） | 甘肃省健康产品高通量筛选与创制工程研究中心 | 药学院 | 省级 |
| 45 | 甘肃省智慧医疗工程实验室 | 基础医学院 | 省级 | |
| 46 | 甘肃省骨科3D打印工程研究中心 | 第二医院 | 省级 | |
| 47 | 甘肃省智能影像医学工程研究中心 | 第一医院 | 省级 | |
| 48 | 甘肃省消化内镜工程研究中心 | 第二医院 | 省级 | |
| 49 | 甘肃省心脏康复工程研究中心 | 第二医院 | 省级 | |
| 50 | 甘肃省临床用药风险防控工程研究中心 | 第一医院 | 省级 | |
| 51 | 甘肃省消化系肿瘤转化医学工程研究中心 | 第二医院 | 省级 | |
| 52 | 甘肃省胃癌转化医学工程研究中心 | 第一医院 | 省级 | |
| 53 | 甘肃省党参产业工程研究中心 | 药学院 | 省级 | |
| 54 | 甘肃省智能超声医学工程研究中心 | 第二医院 | 省级 | |
| 55 | 甘肃省行业技术中心 | 甘肃省高端医用材料行业技术中心 | 第一医院、口腔医学院 | 省级 |
| 56 | 甘肃省中藏药功效物质开发与利用行业技术中心 | 药学院 | 省级 | |
| 57 | 甘肃省医学指南行业技术中心 | 基础医学院 | 省级 | |
| 58 | 甘肃省智能骨科行业技术中心 | 第二医院 | 省级 | |
| 59 | 甘肃省基因组医学行业技术中心 | 基础医学院 | 省级 | |
| 60 | 甘肃省介入超声装备应用行业技术中心 | 第二医院 | 省级 | |
| 61 | 甘肃省智能康复与护理行业技术中心 | 护理学院 | 省级 | |
| 62 | 甘肃省糖尿病防治医学行业技术中心 | 第一医院 | 省级 | |
| 63 | 甘肃省智能影像医学行业技术中心 | 第一医院 | 省级 | |
| 64 | 甘肃省企业研究院 | 甘肃省党参研究院 | 药学院 | 省级 |
| 65 | 甘肃省协同创新中心 | 甘肃省陇药协同创新中心 | 药学院等相关学院 | 省级 |
| 66 | 甘肃省国际科技合作基地 | 高发肿瘤及重大慢病防控甘肃省国际科技合作基地 | 第一医院 | 省级 |
| 67 | 精准影像协同创新甘肃省国际科技合作基地 | 第一医院 | 省级 | |
| 68 | 神经病学疾病精准诊疗甘肃省国际科技合作基地 | 第二医院 | 省级 | |
| 69 | 脊柱疾患疼痛机制研究及治疗甘肃省国际科技合作基地 | 第二医院 | 省级 | |
| 70 | 中医药标准转化与培训甘肃省国际科技合作基地 | 基础医学院 | 省级 | |
| 71 | 泌尿系统疾病转化医学研究与应用甘肃省国际科技合作基地 | 第二医院 | 省级 | |
| 72 | 冠心病诊疗技术与应用甘肃省国际科技合作基地 | 第一医院 | 省级 | |
| 73 | 胸外科关键技术研发与应用专业甘肃省国际科技合作基地 | 第一医院 | 省级 | |
| 74 | 胃癌转化医学与应用甘肃省国际科技合作基地 | 第一医院 | 省级 | |
| 75 | 生殖医学转化应用甘肃省国家科技合作基地 | 第一医院 | 省级 | |
| 76 | 医学影像人工智能甘肃省国际科技合作基地 | 第二医院 | 省级 | |
| 77 | 心血管病甘肃省国际科技合作基地 | 第二医院 | 省级 | |
| 78 | 甘肃省引才引智基地 | 环境肿瘤学甘肃省引才引智基地 | 第二医院 | 省部级 |
| 79 | 骨科加速康复外科甘肃省引才引智基地 | 第二医院 | 省部级 | |
| 80 | 甘肃省高校产业研究院 | 甘肃省生殖材料产业研究院 | 第一医院 | 省级 |
